此次大部制改革中将食品、药品安全监管纳入到卫生部后，卫生部即面临两项重大工作，一是保障北京奥运会的食品安全，二是推动医改顺利实施。卫生部部长陈竺表示，医改方案不久后将向社会征求意见，有关部门正在研究制定具体改革配套文件，将选择一些地方开始试点工作，探索经验。卫生部新闻发言人毛群安则给出具体时间：「医改方案要奥运后才正式出台。刚上任的国务院副总理李克强分管卫生，由于他同时分管财政和发改委，将有利于推动医改的顺利实施。」
除了医药外，另一个重点是食品。由于食品安全关乎民生，被称为是从农田到餐桌涉及职能部门最多、责权利最难扯清的监管领域。大卫生部成立后，明确由卫生部承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，并相应对食品安全监管队伍进行集成，这将有力保障奥运会期间的食品安全。
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