交通运输部是大部制改革中最早挂牌的一个部委。交通运输部组建后，在集成不同运输方式和不同区域交通运输上被寄予厚望。该部的主要职责中，「综合运输体系的规划协调工作，促进各种运输方式相互衔接」是重要的部分。大部制试点中，曾有民众担心所涉及部门在应对突发事件时出现推诿等消极情况，而这次交通运输部及新并入的民航局在应对「东航事件」上，则获得较高的评价。
交通运输部挂牌一周后，东航云南航空公司21个航班出现异常集体返航，大批乘客滞留云南各机场。交通运输部民航局随即介入调查。4月17日，民航局公布调查结果，认定返航存人为因素，东航及云南分公司被罚150万，并被停止部分航线经营权。民航业内人士和法律界均对民航局在该事件的处理方式和尺度上给予了较高的评价。
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